Theo đó, các ông Trần Quốc Đông, Phó tổng giám đốc Tổng công ty Đường sắt Việt Nam bị khởi tố về hành vi “Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng” theo điều 285 BLHS; Phạm Quang Duy, Phạm Hải Bằng (đều là Phó Giám đốc Ban quản lý các dự án đường sắt), Nguyễn Nam Thái (Trưởng phòng dự án 3), bị khởi tố về hành vi “Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ” theo điều 281 BLHS.

Được biết, các quyết định và lệnh trên đều đã được viện KSND tối cao phê chuẩn. Trước đó, cơ quan điều tra đã triệu tập các bị can này lên làm việc và các bị can đã cơ bản thừa nhận những hành vi vi phạm pháp luật của mình.

Trong khi đó, theo báo chí Nhật Bản, ông Tamio Kakinuma, Chủ tịch Tập đoàn tư vấn giao thông Nhật Bản (JTC), thừa nhận JTC đã chi khoảng 80 triệu yen (782.640 USD) cho các quan chức đường sắt VN trong dự án trị giá 4,2 tỉ yen (41 triệu USD).

Ngay sau đó, viện trưởng Viện KSND tối cao Nguyễn Hoà Bình có văn bản gửi ông Sadakudu Tanigaki, Bộ trưởng Bộ Tư pháp Nhật Bản, đề nghị có những thông tin trao đổi chính thức từ phía các cơ quan có thẩm quyền của Nhật về nghi vấn JTC hối lộ quan chức đường sắt Việt Nam để được nhận thầu dự án sử dụng nguồn vốn Viện trợ phát triển chính thức của Nhật. Phía Nhật Bản sau đó đã cung cấp một số thông tin liên quan cho phía Việt Nam để tiến hành điều tra vụ việc này.

Ông Trần Quốc Đông được Tổng giám đốc Tổng công ty Đường sắt Việt Nam (ĐSVN) bổ nhiệm giữ chức Giám đốc Ban Quản lý các dự án đường sắt, (RPMU) từ ngày 1-10-2009. Trước khi về làm giám đốc RPMU ông Đông là Trưởng ban Ban Quan hệ Quốc tế của ĐSVN.

Từ ngày 1/6/2011, Chủ tịch Hội đồng thành viên ĐSVN có quyết định bổ nhiệm ông Trần Quốc Đông  giữ chức Phó Tổng giám đốc ĐSVN cho đến ngày bị bắt. Liên quan đến vụ việc này hiện có hai người bị đình chỉ công tác là ông Trần Văn Lục – Giám đốc Ban quản lý dự án đường sắt (Cục Đường sắt Việt Nam, nguyên Giám đốc RPMU) và ông  Nguyễn Văn Hiếu - Giám đốc RPMU.