Không phải Man City hay Chelsea, càng không phải Milan, Guardiola đã chính thức ký hợp đồng có thời hạn 3 năm với đội bóng số một nước Đức, Bayern Munich. Pep sẽ bắt đầu dẫn dắt Bayern từ mùa giải 2013/14 để thay thế cho Jupp Heynckes. Đây là một thông tin khá bất ngờ bởi trước đó Pep được cho là sẽ tới Anh để dẫn dắt Chelsea hoặc Man City.

Tuy vậy, sự thực là Pep đã bí mật đàm phán và đạt được thỏa thuận với Bayern từ cách đây gần 1 tháng.“Pep Guardiola đã ký hợp đồng với Bayern Munich hôm 20/12/2012. Pep chọn Bayern bởi họ là đội bóng tốt nhất trong số những lời mời mà chúng tôi nhận được. Bayern không phải là đội đề nghị Pep mức lương cao nhất nhưng ông ấy vẫn chọn họ bởi tính tổ chức của đội bóng này, bởi tiềm năng của các cầu thủ mà Bayern đang có”, Josep Maria Orobitg, người đại diện của Pep cho hay.

Cũng theo Orobitg, những đội bóng như Roma và Milan của Italia đã cố gắng chiêu mộ Pep nhưng không thành công.