Trước đó, ngày 27/12/2012, Cơ quan Cảnh sát điều tra công an thành phố Hà Nội đã thi hành lệnh bắt tạm giam đối với Lê Quốc Quân (sinh năm 1971 tại Nghệ An), Giám đốc Công ty trách nhiệm hữu hạn Giải pháp Việt Nam, và Phạm Thị Phương (sinh năm 1982 tại Hòa Bình), kế toán Công ty trách nhiệm hữu hạn Giải pháp Việt Nam, về tội danh trốn thuế, được quy định tại Điều 161- Bộ luật Hình sự.

Theo chứng cứ do Cơ quan Cảnh sát điều tra thu thập được, Công ty trách nhiệm hữu hạn Giải pháp Việt Nam, thành lập tháng 4/2001 với hai thành viên do Lê Quốc Quân làm giám đốc và đại diện theo pháp luật từ khi thành lập cho đến khi bị bắt.

Công ty này đã thay đổi đăng ký kinh doanh lần thứ 13 vào ngày 5/6/2012; với ngành nghề kinh doanh là cập nhật, tìm kiếm lưu trữ, xử lý dữ liệu, dịch vụ nghiên cứu và cung cấp thông tin thị trường.

Từ khi thành lập công ty đến khi bị bắt, Lê Quốc Quân đã ký nhiều hợp đồng với các cá nhân, doanh nghiệp ở trong và ngoài nước (chủ yếu qua skype, email), mở sáu tài khoản tại hai ngân hàng BIDV và Vietcombank, nhận tiền từ nhiều nguồn khác nhau.

Tổng số tiền Công ty trách nhiệm hữu hạn Giải pháp Việt Nam thu được qua hoạt động kinh doanh là 13,318 tỷ đồng, trong đó có 588.000 USD (Lê Quốc Quân đã bán cho ngân hàng để rút tiền VNĐ).

Quá trình hoạt động, Lê Quốc Quân nhận thấy Công ty trách nhiệm hữu hạn Giải pháp Việt Nam phải xuất hóa đơn cho các đối tác khi ký hợp đồng nhưng không phải nộp thuế giá trị gia tăng (thuế xuất bằng 0), do vậy doanh số kinh doanh lớn.

Để làm tăng chi phí, giảm thu nhập cho công ty nhằm mục đích trốn thuế thu nhập doanh nghiệp, Lê Quốc Quân đã chỉ đạo kế toán, thủ quỹ thực hiện các hành vi sai phạm như nhờ một số người thân quen có bằng cấp kế toán, tài chính... để lấy thông tin của họ rồi đưa vào các hợp đồng thuê chuyên gia tư vấn với Công ty trách nhiệm hữu hạn Giải pháp Việt Nam, lập khống hợp đồng tư vấn môi giới thương mại, mua hóa đơn giá trị gia tăng khống, sau đó sử dụng để kê khai tại Chi cục thuế quận Cầu Giấy, gồm: Tờ khai thuế giá trị gia tăng; bảng kê hóa đơn; chứng từ hàng hóa dịch vụ mua vào, bán ra; tờ khai thuế thu nhập doanh nghiệp tạm tính; tờ khai quyết toán thuế thu nhập cá nhân; báo cáo tài chính... do Lê Quốc Quân ký và đóng dấu nộp tại Chi cục thuế quận Cầu Giấy.

Bằng thủ đoạn trên, chỉ tính riêng trong hai năm 2010 và 2011, Công ty trách nhiệm hữu hạn Giải pháp Việt Nam đã lập và ký hợp đồng với chín chuyên gia tư vấn nhằm tăng chi phí và giảm thu nhập cho Công ty với số tiền là 1,75 tỷ đồng. Số tiền thuế thu nhập doanh nghiệp Công ty này đã trốn là hơn 649 triệu đồng.

Cũng trong năm 2010 và 2011, thông qua Phạm Thị Phương và Nguyễn Thị Thơm, Công ty trách nhiệm hữu hạn Giải pháp Việt Nam đã mua nhiều hóa đơn giá trị gia tăng khống của nhiều Công ty với nhiều mặt hàng, qua đó khai tăng chi phí doanh nghiệp nhằm trốn thuế thu nhập doanh nghiệp.

Tại Cơ quan Cảnh sát Điều tra, Phạm Thị Phương và Nguyễn Thị Thơm cùng một số đối tượng liên quan đã nhận thức được sai phạm và khai rõ toàn bộ hành vi sai phạm của Công ty trách nhiệm hữu hạn Giải pháp Việt Nam trong việc thuê chuyên gia tư vấn khống, dùng hóa đơn giá trị gia tăng khống để khai tăng chí phí của doanh nghiệp nhằm mục đích trốn thuế thu nhập doanh nghiệp.

Những người được cho là chuyên gia tư vấn cho Công ty trách nhiệm hữu hạn Giải pháp Việt Nam cũng trình bày rõ, họ không tham gia làm gì cho Công ty này, không nhận số tiền hàng trăm triệu đồng như phiếu chi mà chỉ ký hợp đồng, phiếu thu, phiếu chi hợp thức cho Công ty trách nhiệm hữu hạn Giải pháp Việt Nam. Mỗi người phải ký 12 hợp đồng, 12 phiếu thu, 12 phiếu chi/lần. Sau khi ký hợp thức, mỗi người được Công ty trách nhiệm hữu hạn Giải pháp Việt Nam trả từ 01-03 triệu đồng.

Là bị can trong vụ án hình sự-kinh tế, qua điều tra cho thấy Lê Quốc Quân đã chỉ đạo nhân viên cũng như trực tiếp thực hiện các thủ đoạn man trá, gian dối nhằm chiến đoạt tiền thuế, một loại tội phạm các quốc gia đều lên án, trừng trị nghiêm khắc, nhưng ngay sau khi Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an thành phố Hà Nội phát hiện, khởi tố vụ án đã có một số cá nhân, tổ chức nước ngoài, chức sắc tôn giáo lên tiếng xuyên tạc vụ việc, kích động, đưa ra cái gọi là "thỉnh nguyện thư," "đơn kiến nghị," "đơn đòi trả tự do cho Lê Quốc Quân."