Cụ thể, trong 3 phương án đề xuất nghiên cứu, Ban Thường vụ Thành ủy Hà Nội cơ bản nhất trí với phương án 3 đề xuất vị trí xây dựng cầu đường sắt vượt sông Hồng cách cầu Long Biên 75m về phía thượng lưu. 

Tuy nhiên, để hoàn thiện phương án này, Thành ủy Hà Nội yêu cầu các đơn vị chức năng cần trình bày sâu hơn mối quan hệ giữa phương án 3 với quan điểm, chủ trương bảo tồn cầu Long Biên; xem xét toàn diện các yếu tố có liên quan như yêu cầu bảo tồn khu phố cổ, phố cũ, giải pháp khắc phục hạn chế chiều cao thông thủy giữa cầu Long Biên với các cây cầu khác... để tiếp tục cân nhắc phương án bảo tồn cầu Long Biên, đảm bảo thuận lợi giao thông thủy và an toàn đê điều, thoát lũ cũng như về sự an toàn của cầu Long Biên khi tiếp tục phục vụ cho giao thông. 

Đặc biệt, Thành ủy Hà Nội cũng nhấn mạnh thống nhất quan điểm hạn chế ảnh hưởng đến cây cầu Long Biên về cảnh quan kiến trúc, song cũng cần quan tâm phương án thiết kế cây cầu mới phải đảm bảo yêu cầu thẩm mỹ, hài hòa với cầu Long Biên và cả khu vực.

Quá trình chuẩn bị hồ sơ đề nghị công nhận cầu Long Biên là di tích cấp quốc gia, Thành ủy Hà Nội yêu cầu các đơn vị chức năng phải tổ chức, trao đổi, thảo luận, lấy ý kiến các cấp, ngành, các nhà khoa học và nhân dân, tạo đồng thuận về những quan điểm lớn trong ứng xử đối với cầu Long Biên, trên cơ sở phải gắn bảo tồn với phát triển. Bên cạnh đó, cần phải chú ý tính khả thi của phương án chọn (về kỹ thuật, tài chính...), gắn bảo tồn với quản lý, khai thác, phát huy giá trị di tích.

Ngoài ra, quá trình xây dựng quy hoạch, triển khai thực hiện hạng mục công trình cầu đường sắt vượt sông Hồng và chuẩn bị hồ sơ đề nghị công nhận cầu Long Biên là di tích cấp quốc gia, các cơ quan hữu quan cần thực hiện tốt công tác thông tin, tuyên truyền để tạo đồng thuận của nhân dân, đặc biệt là đối với người dân thuộc diện di dời phục vụ quy hoạch.

Tuyến đường sắt đô thị số 1 nằm trong Quy hoạch tổng thể giao thông vận tải thủ đô Hà Nội đến năm 2030, tầm nhìn đến năm 2050; là quy hoạch quan trọng và cấp bách thuộc hệ thống giao thông đường sắt quốc gia và đường sắt đô thị. 

Công trình cầu đường sắt vượt sông Hồng được đặt trong mối quan hệ với cây cầu Long Biên lịch sử, với yêu cầu bảo tồn không gian khu phố cổ, phố cũ, có ý nghĩa quan trọng thúc đẩy phát triển kinh tế-xã hội Thủ đô trong thời gian tới.