Theo đó, Đường sắt Việt Nam đã làm việc cùng với Ban dự án đường sắt đô thị Hà Nội trong đó thống nhất: tuyến số 3 (đoạn Nhổn - ga Hà Nội) sẽ đi ngầm qua ga Hà Nội và kết thúc tại ga cuối trên đường Trần Hưng Đạo. Tại đây, sẽ làm đường kết nối hành khách ngầm đến quảng trường ga Hà Nội.

Theo Đường sắt Việt Nam, hiện nay vị trí ga Hà Nội thuộc tuyến đường sắt đô thị Hà Nội (tuyến số 1), giai đoạn I theo thiết kế của Tư vẩn JKT sẽ dịch chuyển về phía Nam khoảng 200m và phía Tây khoảng 40m so với vị trí trong Báo cáo nghiên cứu khả thi đã được duyệt trước đó. Vị trí mới của ga Hà Nội đã được báo cáo với UBND thành phố Hà Nội, Bộ GTVT, các cơ quan ban ngành, đã nhận được thống nhất cao.

Về việc bố trí công trình giếng thông gió và tháp làm lạnh tại khu đất số 107 Trần Hưng Đạo, theo hồ sơ bản vẽ, ga S12 được bố trí một giếng thông gió và một tháp làm lạnh tại khu đất số 107 - Trần Hưng Đạo nằm trong phạm ví đất do Đường sắt -Việt Nam quản lý. Tại khu đất này, hiện nay Đường sắt Việt Nam đã có chủ trương xây dựng trụ sở mới của Đường sắt Việt Nam và một số đơn vị trực thuộc khác để phục vụ công tác di dời, giải phóng mặt bằng thục hiện dự án xây dựng tuyến đường sắt đô thị số 1, giai đoạn I (Giáp Bát - Gia Lâm). Vì vậy, Đường sắt Việt Nam đã đề nghị UBND thành phố Hả Nội chỉ đạo Ban dự án Đường sắt đô thị nghiên cửu bố trí lại các công trình trên vào vị trí thích hợp nhầm tránh sự chồng lấn giữa các dự án.

Tuyến đường sắt đô thị đoạn Nhổn – Ga Hà Nội có chiều dài 12,5km với 9,6km đi trên cao và 2,9 km đi ngầm, có 11 ga trên cao, 4 ga dưới ngầm. Tàu sẽ lưu thông trên tuyến đường này với tốc độ 80 km/h, tàu có chiều dài từ 19 đến 20 mét.

Lộ trình tuyến này như sau: ga đường sắt tại Nhổn (ngã tư đường 70 và QL32), tàu điện sẽ đi theo QL32 đến nội thành Hà Nội, qua các đường phố Hồ Tùng Mậu - Xuân Thuỷ - Cầu Giấy - Kim Mã - Núi Trúc - Giảng Võ - Quốc Tử Giám - ga Hà Nội (đoạn trước cửa ga, cuối đường Trần Hưng Đạo). Trong đó bao gồm 4 ga kết nối trung chuyển với tuyến đường sắt nội đô tại bến số 11 (KS Daewoo), với hệ thống xe buýt nhanh BRT tại bến 13 (Giảng Võ) và với hệ thống xe buýt tại bến số 10 (Cầu Giấy) và bến 15 (Ga Hà Nội).