Theo đó, hành vi của Thủy (nguyên Giám đốc ngân hàng Nhà nước chi nhánh tỉnh Bà Rịa – Vũng Tàu)được phát hiện từ khoảng tháng 6/2016. Vào thời điểm trên, trong lúc nói chuyện với con gái tên T.N.T. (SN 2009), chị T.T.T.Th. (sống tại chung cư Lakeside, phường Nguyễn An Ninh, TP.Vũng Tàu) được con gái kể lại việc nhiều lần bị Nguyễn Khắc Thuỷ xâm hại tình dục.

Để xác định rõ ràng, chị Th. bảo con dẫn đi chỉ người xâm hại và người cháu N. chỉ là Thủy. Vì vậy, chị Th. liền làm đơn gửi lên cơ quan công an và chính quyền địa phương để tố cáo Thủy. Nhận được đơn của chị Th., Thường trực Thành ủy Vũng Tàu đã yêu cầu UBND TP.Vũng Tàu chỉ đạo công an khẩn trương thụ lý, điều tra, xác minh vụ án.

Và từ đơn tố cáo của chị Th., công an đã tiến hành mời chị Th. lên làm việc và lấy lời khai của chị. Tại đây, chị Th. khai không trực tiếp nhìn thấy Thủy có hành vi xâm hại con gái. Chị chỉ được biết sự việc khi cháu T. kể lại cho chị nghe. Ngoài việc tố đối tượng Thủy xâm hại con gái, chị Th. còn tố cáo Thủy có hành vi xâm hại đối với nhiều bé gái khác tại chung cư LakeSide.

Tố cáo Thủy xong, nhà chị Th. liên tục xuất hiện các mảnh giấy lạ đe dọa nếu chị Th. tiếp tục thưa kiện sẽ không để chị Th. và gia đình được yên. Liên quan đến mảnh giấy đe dọa, căn cứ bản kết luận giám định của phòng Kỹ thuật hình sự, Công an tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu đã xác định chữ viết trên mảnh giấy kể trên đều do ông Thủy viết ra.

Quá trình điều tra, cơ quan CSĐT cũng tiến hành lấy lời khai của bị hại, nhân chứng, dựng lại hiện trường và làm rõ 2 vụ án ông Thủy có hành vi dâm ô đối với 2 cháu gái khác tại chung cư Lakeside.

Cụ thể, một ngày trong tháng 4/2014, anh T., bố của bé N.N.A.D. (SN 2008) dẫn con gái đi chơi tại khu sân chơi của trẻ em thuộc khuôn viên của chung cư Lakeside. Trong lúc D. chơi đùa cùng anh trai (SN 2003), Thủy đến sờ vào bộ phận sinh dục của bé. Sau khi phát hiện, anh trai của D. báo cho bố biết.

Vì vậy, anh T. đã tát rồi chửi mắng Thủy, sau đó báo cho bảo vệ của chung cư biết vụ việc. Tuy nhiên, Thủy vẫn chưa dừng lại. Tối một ngày trong tháng 5/2014, khi bé T.H.A. (SN 2003) đang nói chuyện với bạn tại cửa sổ một căn phòng ở chung cư Lakeside, Thủy đưa tay vào, thực hiện hành vi dâm ô với H.A.. Bạn của bé H.A. đã chứng kiến vụ việc.

Tại cơ quan công an, Nguyễn Khắc Thủy không thừa nhận hành vi của mình. Thế nhưng, căn cứ vào lời khai của các bị hại, lời khai của các nhân chứng, kết quả nhận dạng, kết quả khám nghiệm hiện trường, cơ quan điều tra đã đủ cơ sở để xác định Thủy thực hiện hành vi dâm ô trẻ em.