Theo cơ quan điều tra, năm 2006 khi có chủ trương đầu tư dự án xây dựng nhà máy sửa chữa tàu biển phía Nam, Vinalines tổ chức đoàn công tác sang Nga khảo sát việc mua ụ nổi phục vụ cho việc sửa chữa tàu.

Qua chuyến làm việc, ông Dũng, Mai Văn Phúc (Tổng giám đốc), Trần Hữu Chiều (Phó tổng giám đốc kiêm Trưởng ban quản lý dự án, trưởng đoàn khảo sát), Trần Hải Sơn (Phó trưởng ban quản lý, thành viên đoàn khảo sát), Mai Văn Khang (Ban quản lý dự án) biết ụ nổi 83M sản xuất năm 1965 tại Nhật, bị hư hỏng nặng, đã bị cơ quan đăng kiểm Nga dừng phân cấp không cho hoạt động từ năm 2006 nhưng vẫn thống nhất mua. Người sốt sắng trong vụ này được cho là ông Dũng.

Cáo buộc của cơ quan điều tra cho rằng, ông Dũng, Phúc chỉ đạo Chiều, Sơn, Khang phải "hợp thức hóa thủ tục để mua bằng được thông qua công ty AP", với giá 9 triệu USD. Lời khai của Chiều thể hiện, với chỉ đạo mua với giá cao nêu trên nên Chiều hiểu dứt khoát AP phải chia lại cho Dũng, Phúc một khoản tiền lớn, cụ thể bao nhiêu thì không biết. Do vậy, dù biết ụ nổi quá niên hạn sử dụng tới hàng chục năm, không đủ điều kiện nhập khẩu, Chiều vẫn ký các văn bản đề nghị mua. Hậu quả, tổng tiền phê duyệt mua, vận chuyển, tổ chức sửa chữa ở Việt Nam được điều chỉnh lên tới 19,5 triệu USD.

Quá trình điều tra vụ án, những khuất tất trong thương vụ mua bán khủng gây thiệt hại nghiêm trọng cho nhà nước đã được Bộ Công an đưa ra ánh sáng. Ông Goh Hoon Seow (Giám đốc AP) thừa nhận trước khi Vinalines ký hợp đồng, ông đã gặp Sơn tại Việt Nam, nói: "Ông chuẩn bị nhận tiền lại quả, tôi đã thống nhất với ông Dũng và ông Phúc rồi. Các ông ấy nói giao cho ông 1,666 triệu USD".

Sơn sau đó được ông Dũng xác nhận việc này, nói: "Chia 10 tỷ đồng cho anh, 10 tỷ đồng cho anh Phúc, còn lại cho em". Nghe vậy, Sơn hiểu trong việc mua bán ụ nổi 83M, ông Dũng, Phúc và ông Goh đã có thỏa thuận ngầm trước đó để tạo điều kiện cho AP bán được ụ nổi cho Vinalines. Số tiền 1,666 triệu USD (hơn 28 tỷ đồng) nằm trong khoản 9 triệu USD Công ty AP nhận trong thương mua bán khủng trên.

Để chuyển tiền, Sơn được Giám đốc của AP đề nghị cung cấp một công ty có tài khoản mở tại Ngân hàng UOB chi nhánh TP HCM để chuyển tiền về. Sơn mượn tại khoản của Công ty Phú Hà (chị gái Sơn làm giám đốc), doanh nghiệp này không thực hiện bất kỳ công việc gì liên quan ụ nổi 83M. Hơn 10 ngày sau khi tiền về, tháng 7/2008, khi ông Dũng vào TP HCM công tác, Sơn gọi điện thoại hẹn nói: "Em chuyển bác ít quà".

Sơn sau đó về nhà xếp 100 cọc tiền mệnh giá 500.000 đồng (tổng cộng 5 tỷ) vào chiếc valy tay kéo mang đến khách sạn gặp ông Dũng trong phòng VIP của khách sạn trên đường Võ Văn Tần. Sơn nói: "Theo chỉ đạo của bác, hôm nay em chuyển trước 5 tỷ đồng, số còn lại em chuyển bác sau".

Lần thứ hai, Sơn giao nốt 5 tỷ đồng cho ông Dũng tại nhà mẹ vợ ông này ở Hải Phòng, cũng đưa chiếc valy tương tự. Sếp của Vinalines nhận nói: "Cám ơn em".

Cũng trong tháng 6-7/2008, Sơn đã liên lạc với ông Phúc để "xin phép đến nhà giao tiền". Chiếc valy chứa 2,5 tỷ đồng sau đó được Sơn giao cho ông Phúc tại nhà riêng ở khu chung cư làng quốc tế Thăng Long, Hà Nội. Gần một tháng sau, Sơn lại giao valy có 5 tỷ đồng cho ông Phúc. Lần thứ ba, 2,5 tỷ đồng được Sơn giao tại Hải Phòng, tiền được cho vào chiếc cặp màu đen.

Khoảng cuối năm 2008, sau khi ụ nổi đưa về Việt Nam, Sơn đã giao 340triệu đồng cho Chiều, tiền đựng trong túi nilon, nói: "Gửi anh chút tiền bồi dưỡng". Chia song cho 3 người, Sơn trả công chị gái 2 tỷ đồng do cho mượn tài khoản. Số còn lai hơn 5,8 tỷ đồng, Sơn hưởng.

Theo cơ quan điều tra, do chị gái Sơn không biết việc ăn chia nên không bị xử lý hình sự. Hành vi của ông Dũng, Phúc, Chiều và Sơn đã phạm vào tội Tham ô tài sản.

4 người này cùng 3 cán bộ hải quan và 3 nghi phạm khác còn có dấu hiệu Cố ý làm trái quy định nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng trong việc mua ụ nổi trái quy định. Cơ quan điều tra cáo buộc họ đã đưa ụ nổi là "đống sắt thép gỉ" 83M về Việt Nam, khiến tổng tiền đổ vào đây (cả mua bán, và sửa chữa, bảo quản...) lên tới hơn 525 tỷ đồng, tương đương hơn 24 triệu USD, trong khi chưa một lần được đưa vào sử dụng. Hành vi làm trái của 10 bị can đã gây thiệt hại cho nhà nước hơn 335 tỷ đồng, con số này mới chốt vào giữa năm 2012 và hiện thiệt hại vẫn không ngừng tăng lên.

Ngày 14/10, kết luận điều tra về vụ án đã được hoàn tất, hồ sơ của 10 bị can đã chuyển VKS để đề nghị truy tố.