Ông Bùi Danh Liên, Chủ tịch Hiệp hội Vận tải Hà Nội cho biết, ngày 8/10, đơn vị này  có văn bản gửi lên Bộ GTVT đề nghị xử lý kỷ luật đối với ông Thạch Như Sỹ để làm gương cho hệ thống Thanh tra GTVT cả nước. Lý do ông Sỹ bị đề nghị kỷ luật là do tham mưu kết luận thanh tra không đúng pháp luật, thái độ công vụ không đúng mức, phát ngôn không đúng thẩm quyền với báo chí.

Trước đó, ông Nguyễn Văn Thanh, Chủ tịch Hiệp hội ô tô Việt Nam cũng đã 2 lần gửi văn bản lên Bộ GTVT đề nghị kiểm điểm trách nhiệm và có hình thức xử lý kỷ luật ông Sỹ.  Lý do đưa ra cũng là do ông Sỹ tham mưu kết luận thanh tra không đúng pháp luật, thái độ công vụ không đúng mức, phát ngôn không đúng thẩm quyền với báo chí… gây thiệt hại kinh tế doanh nghiệp.

Trước đó, tháng 7/2014, Bộ trưởng Bộ Giao thông Vận tải Đinh La Thăng đã chỉ đạo lực lượng Thanh tra Bộ thanh tra đột xuất Công ty cổ phần bến xe tàu phà Cần Thơ. Đoàn thanh tra do ông Thạch Như Sỹ, Phó Chánh Thanh tra Bộ Giao thông Vận tải làm trưởng đoàn. Ông Sỹ có kết luận gửi Bộ GTVT chỉ ra rằng, đơn vị này có nhiều vi phạm như: không đảm bảo các tiêu chí để công bố bến xe loại 1; thu giá dịch vụ xe vào không đúng quy định. Tuy nhiên, doanh nghiệp và Hiệp hội vận tải ôtô Việt Nam cho rằng, kết luận của đoàn thanh tra không chính xác, làm ảnh hưởng đến uy tín cũng như gây tổn thất cho doanh nghiệp.

Ông Liên cũng thông tin thêm, qua phản ánh của hội viên, ông Sỹ đi làm việc trái quy định của Luật Thanh tra như sau: Khi giải thích lập luận, thiếu những kiến thức cơ bản về Luật dân sự, Luật GTVT…Thiếu tôn trọng lãnh đạo các doanh nghiệp, thường xuyên dọa rút giấy phép, xử phạt. Chặn họng phát biểu của đại diện cơ sở ... Ông Sỹ nhiều năm làm Chánh Thanh tra GTVT Hà Nội khi ra đi đã để lại cho Hà Nội một gánh nặng về: xe dù, bến cóc, xe buýt nhái, taxi dù, bến bãi trá hình ...