Quá trình điều tra, ông Trọng chưa thành khẩn khai báo, không thừa nhận hành vi của mình.

Tuy nhiên, theo đánh giá của cơ quan truy tố, có đủ căn cứ khẳng định ông Trọng phạm tội “Tổ chức người khác trốn đi nước ngoài”, theo Khoản 3 Điều 275 BLHS, khung hình phạt cao nhất đến 20 năm tù.

Theo cáo trạng của Viện KSNDTC, chiều 17/5/2012, Dương Chí Dũng (khi đó đang là Cục trưởng Cục Hàng hải Việt Nam) biết thông tin mình bị Cơ quan CSĐT Bộ Công an khởi tố, bắt tạm giam vì sai phạm trong vụ Vinalines.

Ông Dũng lập tức thông báo cho em trai Dương Tự Trọng, lúc đó là Phó Giám đốc Công an TP Hải Phòng, được em trai hướng dẫn lánh nạn tại nhà Hoàng Kim Nhung (bạn ông Trọng) ở quận Cầu Giấy, Hà Nội.

Sau đó, Dương Tự Trọng triệu tập một số đồng đội thân tín gồm Vũ Tiến Sơn (khi đó là Phó phòng Cảnh sát Hình sự Công an Hải Phòng) và Hoàng Văn Thắng (Công an Hải Phòng) đến phòng làm việc thông báo tình hình, cùng nghiên cứu phương án đưa Dương Chí Dũng xuất ngoại.

Để tránh sự “để mắt” của cơ quan điều tra, ông Trọng giao nhiệm vụ cho Vũ Tiến Sơn đứng ra xử lý mọi việc, từ liên lạc, tổ chức, phân công nhiệm vụ cho các đồng phạm.

Nhận lệnh từ ông Trọng, Sơn “lệnh” cho các chiến hữu tập kết tại nhà bố mẹ đẻ của Sơn ở quận Kiến An, TP Hải Phòng để lên kế hoạch chi tiết. Sơn còn dùng điện thoại của mình rồi bảo Dương Tự Trọng “có lời” trực tiếp với Đồng Xuân Phong (cựu cán bộ hải quan Hải Phòng) cùng một số đối tượng khác.

Trưa 19/5/2012, nhóm Sơn gặp nhau và thống nhất tìm mọi cách để Dương Chí Dũng trốn sang Campuchia bằng đường tiểu ngạch khu vực cửa khẩu Mộc Bài, Tây Ninh, sau đó sẽ tìm cách sang Mỹ.

Quá trình di chuyển, các đối tượng liên tục thay đổi địa điểm, phương tiện, sim điện thoại... để tránh sự truy lùng của CQĐT. Sau khi nhập cảnh trót lọt vào Campuchia, trưa 23/5/2012, các đệ tử của Dương Tự Trọng đặt phòng cho Dương Chí Dũng tại một khách sạn sang trọng để hôm sau bay qua Singapore, rồi nhập cảnh vào Mỹ.

Do không được nhập cảnh vào Mỹ, ngày 27/5/2012, ông Dũng buộc quay lại Campuchia. Trước tình thế đó, Dương Tự Trọng tiếp tục triệu tập Vũ Tiến Sơn yêu cầu bố trí chỗ để Dương Chí Dũng ăn ở an toàn. Trước khi chia tay Sơn, ông Trọng gửi 30.000 USD cho anh trai.

Nhiều lần chuyển địa điểm, dùng nhiều biện pháp tinh vi lẩn trốn cơ quan chức năng, song đến ngày 4/9/2012 ông Dũng đã bị bắt tại Campuchia, kết thúc hành trình trốn chạy.