Theo đó, hầu hết các bệnh viện của TP không đạt chuẩn diện tích, nhiều cơ sở y tế xuống cấp. Tình trạng Trung tâm y tế phải đi thuê địa điểm vẫn còn. Giường bệnh thiếu dẫn đến quá tải, nhất là tuyến trên. Chẳng hạn, bệnh viện Phụ sản Hà Nội, giường kế hoạch là 300  nhưng thực kê tới 589.

Bệnh viện Vân Đình - giường kế hoạch năm 2012 là 270 (thực kê 302); bệnh viện Thanh Nhàn- giường kế hoạch năm 2012 là 540 (thực kê 712)... Trang thiết bị y tế đã được quan tâm đầu tư song nhiều nơi vẫn còn thiếu và chưa đồng bộ nhất là tuyến cơ sở, tuyến huyện. Ngoài ra, quy trình đấu thầu vật tư, hóa chất còn rườm rà, kéo dài, ảnh hưởng đến việc cung ứng thuốc, vật tư cho bệnh nhân. Việc tổ chức đấu thầu thuốc đơn lẻ dẫn đến việc giá thuốc (cùng chủng loại) của các bệnh viện không thống nhất, ảnh hưởng đến quyền lợi của bệnh nhân.