Cáo trạng Viện KSND thành phố Tuy Hòa truy tố 4 bị can: Nguyễn Tấn Quang (39 tuổi), Phạm Ngọc Mẫn (34 tuổi), Đỗ Như Huy (29 tuổi, đều là nguyên điều tra viên, trinh sát viên công tác tại Công an thành phố Tuy Hòa) và Nguyễn Minh Quyền (42 tuổi, nguyên Phó đội trưởng Đội trinh sát tuyến địa bàn thuộc Phòng CSĐT tội phạm về trật tự xã hội Công an tỉnh Phú Yên) cùng về tội dùng nhục hình theo khoản 1, điều 298 bộ luật Hình sự; Nguyễn Thân Thảo Thành (30 tuổi, nguyên cán bộ điều tra Công an thành phố Tuy Hòa) cũng về tội dùng nhục hình nhưng theo khoản 3, điều 298 bộ luật Hình sự.

Theo cáo trạng, rạng sáng 12/5/2012, Trần Minh Cường điều khiển xe ô tô 78A-002.55 chở Sơn và Ngô Thanh Kiều (ở xã Hòa Đồng, huyện Tây Hòa, Phú Yên) đến thị xã Sông Cầu để trộm. Tại đây, Cường vào nhà bà Nguyễn Thị Thuẫn lấy trộm 14 triệu đồng và 5 điện thoại thì bị lực lượng công an phát hiện truy đuổi.

Cả ba tháo chạy bằng ô tô về đường Nguyễn Hữu Thọ (phường 9, thành phố Tuy Hòa) thì bỏ xe, chạy thoát thân. Sáng cùng ngày, Sơn bị bắt, Cường ra đầu thú. Tại cơ quan điều tra, Cường và Sơn đã khai cùng Kiều gây ra 7 vụ trộm tài sản trị giá gần 1,3 tỉ đồng.

Vì đây là chuyên án của Công an thành phố Tuy Hòa nên ông Lê Đức Hoàn, Phó trưởng Công an thành phố Tuy Hòa đã chỉ đạo Nguyễn Trần Nguyên Phúc, Đội CSĐT về tội phạm trật tự xã hội Công an thành phố Tuy Hòa phân công lực lượng phối hợp với Công an huyện Tây Hòa đến nhà Ngô Thanh Kiều ở xã Hòa Đồng.

Khuya 13/5/2012, tổ công tác đến nhà Kiều và dùng còng số 8 còng tay, áp giải bằng xe mô tô đưa Kiều về Công an xã Hòa Đồng. Đến sáng, ông Hoàn chỉ đạo ông Phúc cử lực lượng đến xã Hòa Đồng đưa Kiều về Công an thành phố Tuy Hòa.

Tại đây, trong quá trình lấy lời khai, Kiều không chịu khai nên Mẫn cầm dùi cui cao su đánh 4-5 cái vào đùi và bắp chân. Sau đó, Quyền tiếp tục dùng dùi cui cao su đánh 4-5 cái vào cẳng chân và đùi. Tuy nhiên, Kiều vẫn không chịu khai nên ông Hoàn phân công Huy đến lấy lời khai của Kiều. Huy đã cầm dùi cui cao su đánh 2-3 cái vào đùi.

Tiếp đến, Quang đến tháo còng tay để còng 2 tay Kiều ra phía sau thành ghế. Quang cầm dùi cui đánh 3-4 cái vào đùi, chân của Kiều.

Đến trưa 13/5/2012, Phúc phân công Thành canh giữ Kiều để Mẫn và Quyền đi ăn cơm. Thành đến ngồi lên mặt bàn, chân để lên ghế Kiều đang ngồi, hỏi Kiều về vụ trộm, nhưng Kiều không trả lời. Vì vậy, Thành đã cầm dùi cui đánh 2-3 cái vào đầu, khiến Kiều la đau.

Chiều cùng ngày, ông Hoàn chỉ đạo thuộc cấp đưa Kiều đến Phòng PC45 Công an tỉnh Phú Yên để làm việc. Lúc này, ông Hồ Tất Thắng, Phòng PC45 Công an tỉnh Phú Yên thấy Kiều mệt mỏi nên chỉ đạo đưa đến Trạm xá Công an tỉnh để khám, sau đó chuyển đến Bệnh viện đa khoa tỉnh Phú Yên, nhưng Kiều đã chết trên đường cấp cứu. Theo kết luận giám định pháp y, nguyên nhân khiến Kiều tử vong là do chấn thương sọ não.

Cáo trạng cũng xác định, hành vi ông Hoàn cùng với Nguyễn Trần Nguyên Phúc, Nguyễn Hồ Chu Toàn, Trương Quốc Dũng, Võ Công Phi, Nguyễn Văn Lai, Trần Phương Nam, Võ Long Minh và Trương Trọng Trường đều công tác tại Công an thành phố Tuy Hòa và Công an huyện Tây Hòa có dấu hiệu vi phạm pháp luật, nhưng chưa đến mức truy cứu trách nhiệm hình sự, nên kiến nghị xử lý kỷ luật.