Theo đó, ĐH Quốc gia được trao các quyền tự chủ cao trong đào tạo, nghiên cứu khoa học, tài chính, quan hệ quốc tế và tổ chức bộ máy theo quy chế tổ chức và hoạt động của ĐH Quốc gia, cơ chế tài chính đặc thù do Thủ tướng Chính phủ quy định.

ĐH Quốc gia cũng được thí điểm mở ngành, chuyên ngành đào tạo mới, ngoài danh mục các ngành, chuyên ngành đào tạo đã được quy định, nhằm đáp ứng nhu cầu xã hội và thực hiện trên cơ sở có đủ các điều kiện theo quy định, báo cáo Bộ GD-ĐT theo dõi, kiểm tra. Ngoài ra, ĐH Quốc gia cũng có quyền phê duyệt chương trình liên kết đào tạo với ngước ngoài trình độ ĐH, thạc sĩ, tiến sĩ, tổ chức tại ĐH Quốc gia.

Giám đốc ĐH Quốc gia báo cáo Thủ tướng Chính phủ về những vấn đề liên quan đến hoạt động và phát triển của ĐH Quốc gia khi cần thiết.

Nghị định cũng nêu rõ nhiệm vụ, quyền hạn của Hội đồng ĐH Quốc gia, Giám đốc và Phó giám đốc ĐH Quốc gia. Giám đốc, Phó Giám đốc ĐH Quốc gia do Thủ tướng Chính phủ bổ nhiệm, miễn nhiệm. Nghị định có hiệu lực từ ngày 1-1-2014.