Anh Khoa bắt đầu chạy nhẹ và trở lại tập cùng đội trẻ Đà Nẵng từ cuối năm 2016. Tuy nhiên, sau một thời gian thử tập nặng với bóng, Anh Khoa phải nghỉ hẳn vì không chịu được tập luyện với cường độ cao.

Theo chẩn đoán, chân trái của Anh Khoa bị tổn thương quá nặng và không thể hồi phục hoàn toàn. Anh quyết định giải nghệ và có thể đi học để trở thành huấn luyện viên đội trẻ Đà Nẵng.

Tiền vệ Trần Anh Khoa của Đà Nẵng chính thức giải nghệ sau pha đạp
thô bạo của Quế Ngọc Hải (SLNA) ở trận đấu ngày 13/9 tại vòng 25
V.League 2015.

Trong trận đấu giữa Sông Lam Nghệ An vs Đà Nẵng tại vòng 25 V.League 2015, Anh Khoa trong nỗ lực xâm nhập sát vòng cấm của SLNA bị trung vệ Quế Ngọc Hải dùng cả hai chân, đạp trúng đầu gối.

Cầu thủ Anh Khoa sau đó không thể tiếp tục thi đấu, phải rời sân trên cáng. Chấn thương của Anh Khoa được chẩn đoán là rất nặng, phải sang Singapore phẫu thuật. Bác sĩ nhận định Anh Khoa phải nghỉ thi đấu một năm và chỉ có 50% cơ hội trở lại sân cỏ.

Ngọc Hải sau trận đấu đã nhận án phạt từ VFF: cấm thi đấu sáu tháng, buộc lo toàn bộ chi phí điều trị của Anh Khoa. Số tiền mà Ngọc Hải phải đền bù cho Anh Khoa là khoảng 800 triệu đồng.