Ngày 20/5, phiên tòa xét xử sơ thẩm Nguyễn Đức Kiên và đồng phạm được mở lại sau một tháng tạm hoãn. Đây là một trong 10 vụ án được coi là đại án tham nhũng, do đó TAND Hà Nội đã lập Hội đồng xét xử đặc biệt gồm Chủ tọa là ông Nguyễn Hữu Chính - Phó chánh án TAND Hà Nội; 1 thẩm phán và 3 Hội thẩm nhân dân. Ngoài ra còn 2 thẩm phán, 2 Hội thẩm nhân dân dự khuyết. Xét thấy bị cáo Trần Xuân Giá mắc bệnh hiểm nghèo, sáng cùng ngày, tòa đã công bố quyết định tạm đình chỉ vụ án đối với ông này.
Những ngày đầu xét xử, tâm trạng của bầu Kiên - người bị truy tố 4 tội danh (Kinh doanh trái phép, Lừa đảo chiếm đoạt tài sản, Trốn thuế, Cố ý làm trái) tỏ ra thoải mái. Đứng trước vành móng ngựa, bị cáo đưa ra một số "đòi hỏi" và xuyên suốt phiên tòa, ông ta đều phủ nhận cả 4 tội danh trên. Nói về hành vi chiếm đoạt 264 tỷ đồng, bầu Kiên đặt câu hỏi: "Tôi là doanh nhân, có uy tín lại đi lừa bạn thân mình, những người không biết bản chất vụ án sẽ đánh giá về tôi như nào?".
Lặng lẽ và chú ý lắng nghe suốt 11 ngày diễn ra phiên xét xử chồng, bà Đặng Ngọc Lan (vợ bầu Kiên) luôn khiến dư luận quan tâm. Ngày 22/5, trình bày tại tòa, bà Lan (Tổng giám đốc công ty B&B) cho rằng thời gian ký Hợp đồng đầu tư ủy thác tài chính với ngân hàng ACB bà đang nghỉ sinh ở nhà. "Tin chồng nên anh Kiên đưa giấy tờ gì đều ký... tôi không thấy có gì sai cả", bà Lan nói.
Huỳnh Thị Huyền Như (bị tuyên phạt án chung thân trước đó) xuất hiện tại tòa với tư cách người có nghĩa vụ và quyền lợi liên quan. Huyền Như cũng là nguyên nhân tranh cãi "nảy lửa" về khoản tiền 718 tỷ đồng giữa ngân hàng ACB và Vietinbank để xác định trách nhiệm dân sự. Ngày 29/5, luật sư Nguyễn Minh Tâm (bào chữa cho bị cáo Phạm Trung Cang, Trịnh Kim Quang) cũng đã chỉ ra rằng quyết định tách, nhập vụ án Bầu Kiên - Huyền Như dẫn đến hậu quả "án chồng án".
Ngày 28/5, ông Hoàng Đôn Hùng (một trong 4 luật sư bào chữa cho bị cáo Kiên) đưa ra kiến nghị khởi tố vụ án Thiếu trách nhiệm đối với Ngân hàng Nhà nước.
Trước lời khai của bị cáo Nguyễn Đức Kiên, ngày 30/5, ông Trần Đình Long, Chủ tịch Tập đoàn Hòa Phát) cũng khẳng định "Tôi không nghĩ anh Kiên lừa tôi được". Đại diện cho nguyên đơn dân sự là Công ty TNHH Một thành viên Thép Hòa Phát, ông Kiều Chí Công trước đó cũng trình bày tại tòa cho biết trước đó đã gửi công văn nêu rõ đơn gửi cơ quan điều tra yêu cầu điều tra làm rõ vụ việc, không phải là đơn tố cáo/khiếu nại đối với ông Kiên.
Đại diện VKSND giữ quyền công tố tại tòa là ông Đào Văn Cường và bà Đỗ Thị Thu Yến. Trong bản luận tội, đại diện VKS đề nghị mức án 30 năm tù đối với Nguyễn Đức Kiên - bị cáo được xác định là chủ mưu của vụ án. 2 ngày sau đó, trước các luận cứ đối đáp của luật sư và bị cáo, đại diện VKS tiếp tục giữ nguyên quan điểm truy tố hành vi phạm tội của 8 bị cáo.
Sáng 2/6, kết thúc 2 tuần thẩm vấn và tranh luận, trước khi bước vào phần nghị án, các bị cáo được nói lời sau cùng. Gần một tiếng trình bày, bầu Kiên cố kìm nén những giọt nước mắt khi nhắc đến vợ con. Ông ta dặn vợ không được "chạy án" bởi tin rằng có đủ tư duy có thể chứng minh mình vô tội. Bầu Kiên cũng gửi lời xin lỗi các cổ động viên đội bóng Hà Nội. "Tôi đã yêu cầu vợ tiếp tục duy trì đội bóng, đó là tâm nguyện của tôi. Tôi đề nghị các đồng nghiệp của tôi sẽ làm tốt những gì đã dự định trước đây để làm sao trước khi nhắm mắt sẽ một lần nhìn đội tuyển bóng đá Việt Nam thi đấu tại World Cup. Đây là hoài bão lớn nhất của tôi", bị cáo nói. Ngày 9/6 tới, số phận của bầu Kiên sẽ được định đoạt.