Người Việt từ ngàn xưa đã tận dụng hang động do thiên nhiên tạo tác nằm sâu trong lòng núi lửa Thới Lới, sát bên bờ biển để tạo dựng nên trên đảo một ngôi chùa.
Chùa ngự ở ngay lưng chừng ngọn núi Thới Lới - ngọn núi lửa đã ngủ quên cả ngàn năm trên đảo Lý Sơn, Quảng Ngãi. Chùa Hang có tên chữ là “Thiên Khổng Thạch Tự”, được lập ra khoảng thế kỷ XVI; XVII.
Sân chùa trước cửa hang hướng nhìn ra biển. Núi và biển liền kề quần tụ, vần vũ nhau qua bao tháng năm, tạo tác tạo thành một bức tranh phong cảnh kỳ vĩ, bình yên.
Theo người dân trên đảo, sở dĩ quen gọi tên là chùa Hang vì chùa nằm trong một hang đá lớn trong hệ thống hang động ở Lý Sơn.
Hang đá được tạo ra từ dãy núi Thới Lới dựng đứng cao gần 20 m, có khắc 4 chữ Hán, sơn màu vàng “Thiên Khổng Thạch Tự” như để thông báo rằng trong động đá này có một ngôi chùa.
Viếng cảnh chùa, ngắm những ngọn núi lửa đã ngủ yên từ ngàn năm giữa biển trong xanh đã hấp dẫn du khách đến với đảo Lý Sơn.
Bên trong chùa là một hang sâu có khí hậu vô cùng dễ chịu, trời nắng thì mát mẻ, trời lạnh thì ấm áp.
Xung quanh chùa Hang là các vách đá tự nhiên. Do đó, đứng trong chùa Hang, nghe tiếng những hạt nước rơi từ những nhũ đá. Quanh sân là những cây cổ thụ đến hàng trăm năm tuổi.
Ngư dân Lý Sơn tâm niệm, đến lễ ở chùa hang sẽ được chở che và phù hộ cho những chuyến đi biển bình an.