Dương Chí Dũng đã ký quyết định phê duyệt chủ trương, phê duyệt đầu tư dự án Nhà máy sửa chữa tàu biển phía Nam, ký quyết định phê duyệt mua Ụ nổi 83M, gây thiệt hại cho Nhà nước.
Theo lịch làm việc của Tòa án nhân dân thành phố Hà Nội, trong 3 ngày (12.13 và 14/12), tòa sẽ đưa vụ án “Cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng” và “Tham ô tải sản tại xảy ra tại Tổng Công ty Hàng hải Việt Nam – Vinalines” ra xét xử sơ thẩm. Các bị can bị truy tố về tội “Cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng” và “Tham ô tải sản tại xảy ra tại Vinalines”, gồm: Dương Chí Dũng (nguyên Chủ tịch Hội đồng quản trị Vinalines); Mai Văn Phúc (nguyên Tổng giám đốc Vinalines); Trần Hữu Chiều (nguyên Phó Tổng giám đốc Vinalines) và Trần Hải Sơn (nguyên nguyên Tổng giám đốc Công ty TNHH sửa chữa tàu biển Vinalines). Ngoài ra 4 bị can trên, 6 bị can khác cũng bị truy tố về tội ““Cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng”, gồm: Bùi Thị Bích Loan (nguyên Trưởng ban Tài chính – Kế toán Vinalines); Mai Văn Khang (nguyên Phó trưởng ban đóng mới tàu biển Vinalines); Lê Văn Dương (nguyên Đăng kiểm viên, Cục Đăng kiểm Việt Nam); Huỳnh Hữu Đức; Lê Văn Lừng, Lê Ngọc Triện (cán bộ Chi cục Hải quan Vân Phong, Khánh Hòa).
Theo cáo trạng của Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao, Dương Chí Dũng làm Tổng Giám đốc Vinalines từ tháng 8/2005 đến 29/12/2006 kiêm giữ chức Chủ tịch HĐQT Vinalines do Thủ tướng Chính phủ bổ nhiệm.
Tháng 2/2006, Dương Chí Dũng ký văn bản đề nghị Bộ Giao thông Vận tải xem xét bổ sung nhà máy sửa chữa, đóng mới tàu biển phía Nam vào quy hoạch các cơ sở công nghiệp đóng tàu thủy Việt Nam. Đồng thời đề nghị Bộ Giao thông Vận tải báo cáo Thủ tướng Chính phủ chấp thuận cho Vinalines đầu tư nhà máy sửa chữa tàu biển phía Nam.
Mặc dù Chính phủ chưa phê duyệt và Bộ Giao thông Vận tải cũng chưa bổ sung Dự án xây dựng nhà máy sửa chữa tàu biển phía Nam vào quy hoạch phát triển ngành công nghiệp tàu thủy, nhưng ngày 24/2/2006 HĐQT Vinalines vẫn ra Nghị quyết số 161/NQ-HĐQT và giao cho Tổng Công ty Vinalines triển khai đầu tư xây dựng Nhà máy sửa chữa tàu biển phía Nam.
Trong thời gian Vinalines triển khai dự án Nhà máy sửa chữa tàu biển phía Nam, từ đầu năm 2007 đến hết năm 2008, Vinalines đã tiến hành tổ chức khảo sát, thương thảo, quyết định phương án mua, ký hợp đồng, thanh toán tiền, nhập khẩu ụ nổi 83M với Công ty Addpower Ventures Private Limited - Singapore. Quá trình triển khai dự án, Dương Chí Dũng cùng một số cán bộ cấp dưới đã không thực hiện quy định của Nhà nước, gây thiệt hại cho Vinalines gần 367 tỉ đồng (tính đến ngày 17/5/2012). Trong số tiền thiệt hại này, Dũng, Phúc, Sơn, Chiều đã tham ô gần 1,7 triệu USD (tương đương hơn 28 tỉ đồng).
Trong quá trình chào hàng cạnh tranh, lựa chọn nhà thầu cung cấp ụ nổi, Vinalines không có thư thông báo mời thầu nhưng có 2 công ty gửi thư chào bán ụ nổi là Công ty AP – Singapore chào bán ụ nổi 220 sản xuất năm 1969 tại Thụy Điển và ụ nổi Dock No 83M và Công ty môi giới Mega Marine LLC/USA. Nhắm đến người quen trong phi vụ giao dịch triệu đô này, Vinalines chỉ tổ chức khảo sát ụ nổi 220 và 83M do Công ty AP chào bán. Qua kiểm tra, đoàn khảo sát đều biết chủ sở hữu ụ nổi 83M là Công ty Nakhodka (Nga), Công ty AP chỉ là nhà môi giới. Ụ nổi 83M được sản xuất năm 1965 tại Nhật Bản, bị hư hỏng nhiều, không còn hoạt động và đã bị Đăng kiểm Nga dừng phân cấp từ năm 2006. Công ty Nakhodka là chủ sở hữu đưa ra giá để đàm phán là dưới 5 triệu USD.
Sau cuộc khảo sát, Trần Hữu Chiều và Trần Hải Sơn trực tiếp đến gặp Dương Chí Dũng và Mai Văn Phúc để báo cáo các thông tin trên nhưng Dương Chí Dũng và Mai Văn Phúc vẫn chỉ đạo: “Phải lập báo cáo kết quả khảo sát để đủ điều kiện mua được ụ nổi 83M qua Công ty AP- Singapore, không mua trực tiếp của Công ty Nokhodka”.
Từ chỉ đạo này, thông qua các thủ tục để hợp thức hóa việc mua bán, Dương Chí Dũng đã phê duyệt đầu tư mua ụ nổi 83M với tổng giá trị đầu tư là 19,5 triệu USD, trong đó giá trị mua ụ nổi 83M là 9 triệu USD qua Công ty AP.
Viện Kiểm sát nhân dân tối cao nêu rõ, bị can Dương Chí Dũng phạm tội gây hậu quả đặc biệt nghiêm trọng thế nhưng trong quá trình điều tra, bị can này không có biểu hiệu ăn năn hối cải. Dương Chí Dũng khai báo quanh co nhằm chối tội. Cáo trạng nêu rõ, các thành viên Hội đồng quản trị của Vinalines chưa thực hiện đầy đủ chức năng tổ chức, theo dõi và giám sát việc thực hiện các nghị quyết, quyết định của Hội đồng quản trị. Để xảy ra các sai phạm gây thiệt hại tài sản nhà nước.