Ba công chức trên gồm Nguyễn Tiến Lộc, 52 tuổi, công chức kiểm hóa, Chi cục Hải quan Cảng Sài Gòn khu vực 4 Thành phố Hồ Chí Minh, về tội "Nhận hối lộ;" Lê Hà, 56 tuổi, công chức Chi cục Hải quan Cảng Sài Gòn khu vực 4 Thành phố Hồ Chí Minh; Nguyễn Thanh Lâm, 45 tuổi, cán bộ đăng ký tờ khai-công chức Hải quan cửa khẩu Tịnh Biên, tỉnh An Giang, cùng về tội "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ.
Liên quan đến vụ án này, Huỳnh Dũng Tấn, 52 tuổi, nguyên Cửa hàng trưởng cửa hàng số 36 - nay là Chi nhánh Bình Đông, Công ty cổ phần Thực phẩm công nghệ Sài Gòn, cũng bị khởi tố, bắt tạm giam về hai tội "Lừa đảo chiếm đoạt tài sản" và "Đưa hối lộ."
Theo thông tin ban đầu, bằng cách thành lập các công ty tại nước ngoài, ký kết các hợp đồng kinh tế giả, xuất khẩu hàng hóa có giá trị thấp, các đối tượng đã tạo dựng bộ hồ sơ xuất khẩu hoàn chỉnh để chiếm đoạt thuế giá trị gia tăng của Nhà nước.
Trên thực tế, hàng hóa trong các container xuất khẩu là trấu và mỳ ký nhưng trong tờ khai do Công ty cổ phần Thực phẩm công nghệ Sài Gòn mở ghi tên hàng xuất khẩu là thuốc lá điếu hiệu Craven "A" để được hoàn thuế giá trị gia tăng.
Trong giai đoạn từ tháng 2/2011 đến tháng 11/2012, Công ty cổ phần Thực phẩm công nghệ Sài Gòn đã lập và ký khống 69 hợp đồng mua hàng trong nước với giá trị hàng hóa hơn 892 tỷ đồng, có số tiền thuế giá trị gia tăng tương ứng hơn 81 tỷ đồng để xuất khẩu.
Trong cùng thời gian này, Công ty còn lập và ký khống 17 hợp đồng ngoại thương xuất khẩu hàng cho hai công ty tại Campuchia, với tổng trị giá hàng hóa hơn 716 tỷ đồng có thuế suất bằng 0, để tạo dựng 5 bộ hồ sơ xin hoàn thuế với số tiền đã được Cục Thuế thành phố giải quyết hoàn gần 93 tỷ đồng.
Hành vi vi phạm pháp luật này thực hiện trót lọt nhờ có sự tiếp tay của Nguyễn Tiến Lộc trong việc không thực hiện đúng nhiệm vụ được giao kiểm hóa các lô hàng theo các tờ khai hải quan của công ty. Đổi lại, Lộc nhận "tiền bồi dưỡng" là 514 triệu đồng.
Còn Hà và Lâm đã cố ý làm ngơ giải quyết hồ sơ xuất khẩu thuốc lá theo các tờ khai hải quan xuất khẩu hàng hóa của Công ty cổ phần Thực phẩm công nghệ Sài Gòn không đúng quy định. Lâm đã nhận số tiền hối lộ là 200 triệu đồng của Tấn.