Liên quan đến thẩm quyền của Quốc hội, Ủy ban Thường vụ Quốc hội trong việc quyết định gia hạn nộp thuế, quan điểm của Thường trực Ủy ban Tài chính Ngân sách (TCNS – cơ quan thẩm tra dự luật) và cơ quan soạn thảo còn khác nhau. Thường trực Ủy ban TCNS cho rằng, trong nhiều năm gần đây, việc thường xuyên áp dụng biện pháp gia hạn nộp thuế đã gây ảnh hưởng, khó khăn trong cân đối ngân sách theo dự toán đã được Quốc hội phê chuẩn và việc áp dụng gia hạn nộp thuế đại trà là chưa phù hợp với quy định tại Điều 49 của Luật Quản lý thuế hiện hành (chỉ gia hạn theo từng trường hợp cụ thể).
Vì vậy, Thường trực Ủy ban TCNS đề nghị quy định theo hướng: việc gia hạn nộp thuế đối với từng trường hợp cụ thể (từng tập đoàn, doanh nghiệp...) giao Chính phủ quyết định. Trường hợp gia hạn thuế mang tính điều chỉnh chính sách, áp dụng trên diện rộng thì giao Ủy ban Thường vụ Quốc hội xem xét, quyết định. Thường trực Ủy ban TCNS cũng đề nghị Luật có hiệu lực thi hành từ 1/7/2013 nhằm đáp ứng kịp thời yêu cầu thực tiễn thay vì để đến ngày 1/1/2014 như đề xuất của cơ quan soạn thảo. Phát biểu giải trình sau đó, Bộ trưởng Bộ Tài chính Vương Đình Huệ đã đồng ý về thời điểm Luật có hiệu lực từ ngày 1/7/2013.
Cho ý kiến về thẩm quyền quyết định gia hạn nộp thuế, đa số ý kiến thành viên Ủy ban Thường vụ Quốc hội đồng tình tiếp tục giao cho Chính phủ, vì đây được coi là giải pháp điều hành để tháo gỡ khó khăn tức thời cho doanh nghiệp, hộ kinh doanh, không làm giảm nguồn thu mà số thu chỉ bị chậm lại trong một khoảng thời gian nhất định.
Về xử lý đối với việc chậm nộp tiền thuế, xử phạt đối với hành vi khai sai, Thường trực Ủy ban TCNS và cơ quan soạn thảo thống nhất quy định: “Người nộp thuế chậm nộp tiền thuế so với thời hạn quy định, thời hạn gia hạn nộp thuế, thời hạn ghi trong thông báo của cơ quan quản lý thuế, thời hạn trong quyết định xử lý của cơ quan quản lý thuế thì phải nộp đủ tiền thuế và tiền chậm nộp theo mức luỹ tiến: 0,05%/ngày tính trên số tiền thuế chậm nộp đối với số ngày chậm nộp không quá 90 ngày, 0,07%/ngày tính trên số tiền thuế chậm nộp đối với số ngày chậm nộp vượt quá thời hạn 90 ngày”.
Tại phiên họp, Ủy ban Thường vụ Quốc hội đã tập trung cho ý kiến về một nội dung quan trọng khác, đó là quy định về việc kiểm tra hồ sơ hoàn thuế (trong trường hợp hoàn thuế trước, kiểm tra sau). Theo Bộ trưởng Vương Đình Huệ, cơ quan thuế sẽ thực hiện phân loại. Những đối tượng rủi ro cao sẽ kiểm tra trước, hoàn thuế sau. Chỉ những doanh nghiệp tuân thủ pháp luật về thuế, đạt tín nhiệm cao mới được hoàn thuế trước. Cơ quan quản lý không kiểm tra toàn bộ hồ sơ hoàn thuế mà chỉ chọn một số trường hợp để kiểm tra.
Tuy nhiên, để bảo đảm hiệu lực, hiệu quả, chặt chẽ trong công tác quản lý thuế đồng thời cũng bảo đảm tính khả thi trong tổ chức thực hiện, Thường trực Ủy ban TCNS đề nghị quy định chặt chẽ hơn. Đối với một số trường hợp: cơ sở kinh doanh kê khai lỗ luỹ kế hai năm liên tục hoặc có số lỗ vượt quá vốn điều lệ; cơ sở kinh doanh bất động sản, kinh doanh thương mại, dịch vụ; cơ sở kinh doanh thay đổi địa điểm kinh doanh trong vòng 12 tháng; cơ sở kinh doanh có sự thay đổi bất thường giữa doanh thu tính thuế và số thuế được hoàn trong giai đoạn 12 tháng thì thời hạn kiểm tra là không quá 01 năm, kể từ ngày có quyết định hoàn thuế. Các trường hợp khác, thời hạn kiểm tra là không quá 03 năm, kể từ ngày có quyết định hoàn thuế.
Về vấn đề này, nhiều ý kiến trong Ủy ban Thường vụ Quốc hội cho rằng, việc kiểm tra đối với 4 trường hợp rủi ro cao như đã nêu là cần thiết. Tuy nhiên, không nên quy định kiểm tra tất cả các hồ sơ hoàn thuế như đề nghị của cơ quan thẩm tra vì việc này không thực sự cần thiết, đồng thời làm phát sinh một khối lượng công việc rất lớn cho đội ngũ cán bộ thuế. Chủ tịch Hội đồng Dân tộc Ksor Phước lưu ý thêm: “Đồng ý kiểm tra rủi ro thôi, nhưng diện làm có thể rộng hơn một chút, chú ý luân phiên để có nhiều doanh nghiệp được kiểm tra, đừng để lọt”.
Đề cập đến chế tài đối với các vi phạm pháp luật về thuế, Chủ nhiệm Văn phòng Quốc hội Nguyễn Hạnh Phúc cho rằng, cần phải xử lý nghiêm cả những cán bộ ngành thuế có hành vi tiêu cực, tiếp tay cho doanh nghiệp, cá nhân trốn thuế.
Chủ tịch Quốc hội Nguyễn Sinh Hùng cũng đã cho ý kiến về dự luật. Theo ông, việc xây dựng pháp luật về thuế phải cân bằng giữa hai mục tiêu là tạo điều kiện thuận lợi cho người đóng thuế, người thu thuế; đồng thời tăng cường kiểm soát, hạn chế gian lận về thuế. “Khoảng hơn 1/3 các quy định trong dự luật là cải cách hành chính công tác thu thuế. Đó là xu hướng đúng”, ông nói. Ông cũng cho rằng, công tác kiểm tra hoàn thuế chỉ nên làm theo xác suất chứ không nên thực hiện đại trà.
Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế sẽ được trình Quốc hội phê duyệt tại Kỳ họp thứ 4, khai mạc vào tháng 10 tới.