Trước đó, thực hiện ý kiến chỉ đạo của Phó Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc, Tổng Thanh tra Chính phủ ngày 25/7 đã có quyết định thanh tra việc chấp hành chính sách, pháp luật trong quản lý đầu tư xây dựng dự án hệ thống cấp nước Sông Đà do Vinaconex làm chủ đầu tư. Ngày 29/7, Cục Cảnh sát điều tra tội phạm về kinh tế (C46), Bộ Công an đã công bố quyết định khởi tố vụ án vi phạm quy định về xây dựng gây hậu quả nghiêm trọng.
Sau khi trao đổi với Bộ Công an, Thanh tra Chính phủ thấy nội dung liên quan của vụ án cơ bản trùng lắp nội dung dự kiến thanh tra. Để tránh trồng chéo, tạo thuận lợi cho công tác điều tra, hạn chế ảnh hưởng đến hoạt động của doanh nghiệp, Thanh tra Chính phủ đã kiến nghị tạm dừng thanh tra dự án đường nước Sông Đà.