Về tiêu chí đội ngũ giảng viên có đến 18/30 không đạt gồm: ĐH Tài chính Quản trị kinh doanh, ĐH Chu Văn An, ĐH Lương Thế Vinh, ĐH Công nghiệp TP.HCM, ĐH Công nghiệp Thực phẩm TP.HCM, ĐH Văn Lang TP.HCM, ĐH Ngoại ngữ Tin học TP.HCM…
Về tiêu chí diện tích sàn xây dựng, kết luận thanh tra có 5 trường không đạt gồm: CĐ Thương mại, ĐH Lương Thế Vinh, ĐH Kiến trúc Đà Nẵng, CĐ Bách khoa Đà Nẵng, ĐH Công nghiệp TP.HCM.
Về việc xác định chỉ tiêu, có 6 trường tự xác định chỉ tiêu khi không còn năng lực tuyển sinh có đến 6 trường: ĐH Công nghiệp TP.HCM, ĐH ngoại ngữ Tin học TP.HCM, ĐH Cửu Long, ĐH Bà Rịa Vũng Tàu, CĐ Kỹ thuật Công nghiệp Quảng Ngãi và có 16 trường xác định chỉ tiêu tuyển sinh vượt quá năng lực thực tế: ĐH Công nghiệp Thực phẩm TP.HCM, ĐH Văn Lang, CĐ Công Thương, CĐ Văn hóa Nghệ thuật và Du lịch Sài Gòn, ĐH Nguyễn Trãi…
Với kết quả thanh tra như trên, Bộ GD-ĐT đưa ra các hình thức xử phạt như sau: xử lý kỷ luật với hình thức khiển trách đối với hiệu trưởng.
Trường ĐH Quy Nhơn do không đạt tiêu chí đội ngũ giảng viên, tự xác định chỉ tiêu tuyển sinh vượt năng lực đào tạo và tuyển vượt 5%;
Bộ GD-ĐT kiến nghị Bộ Công thương xử lý kỷ luật cảnh cáo đối với hiệu trưởng Trường ĐH Công nghiệp TP.HCM do không đạt tiêu chí về giảng viên, diện tích sàn xây dựng và tự xác định chỉ tiêu vượt năng lực đào tạo thực tế quá lớn; khiển trách hiệu trưởng Trường ĐH Công nghiệp Thực phẩm TP.HCM, Trường CĐ Thương mại, Trường ĐH Công nghiệp Việt – Hung, Trường CĐ Công thương do xác định chỉ tiêu vượt năng lực đào tạo;
Đồng thời, kiến nghị Bộ Y tế kỷ luật khiển trách hiệu trưởng Trường CĐ Kỹ thuật Y tế II; kiến nghị Bộ Tài chính kỷ luật khiển trách hiệu trưởng Trường ĐH Tài chính Quản trị kinh doanh.
Bên cạnh đó, Bộ GD-ĐT giao Thanh tra bộ xử phạt hành chính đối với các trường tuyển vượt chỉ tiêu từ 5% trở lên trong năm 2012 gồm: ĐH Quy Nhơn (5%), CĐ Công thương TP.HCM (6%), CĐ Thương mại (8%), ĐH Ngoại ngữ Tin học TP.HCM (11,4%), ĐH Nội vụ (13%).
Đồng thời, giao Vụ kế hoạch Tài chính có văn bản cảnh cáo các trương ngoài công lập vi phạm tự xác định chỉ tiêu tuyển sinh và gửi Ủy ban nhân dân các tỉnh (thành phố) liên quan theo dõi, hủy bỏ việc công nhận hiệu trưởng nếu tiếp tục tái vi phạm trong năm 2013 gồm: CĐ Văn hóa Nghệ thuật và Du lịch Sài Gòn, CĐ Kỹ thuật Công nghiệp Quảng Ngãi, ĐH Lương Thế Vinh, ĐH Kiến trúc Đà Nẵng, CĐ Bách khoa Đà Nẵng, ĐH Yersin Đà Lạt, ĐH Nguyễn Trãi, ĐH Chu Văn An và cảnh báo Trường ĐH Văn Lang vi phạm quy định xác định chỉ tiêu và tuyển vượt chỉ tiêu.
Trong năm 2013, Bộ GD-ĐT sẽ cắt giảm chỉ tiêu tuyển sinh đối với những 17 trường.
Năm 2012, có 6 trường không tuyển được hoặc tuyển đạt tỉ lệ thấp: ĐH Lương Thế Vinh (0%), CĐ Kỹ thuật Công nghiệp Quảng Ngãi (0,64%), ĐH Công nghệ Đông Á (5,2%), ĐH Chu Văn An (15,5%), ĐH Cửu Long (20,9%), ĐH Yersin Đà Lạt (19,5%).