Theo cáo trạng của VKSND Tối cao, bị can Dương Tự Trọng (nguyên cán bộ Tổng cục VII, Bộ CA) trong vai trò chủ mưu đã cầm đầu 6 đồng phạm "Tổ chức người khác trốn đi nước ngoài".
Ngoài Dương Tự Trọng còn có 6 đồng phạm gồm Vũ Tiến Sơn, Hoàng Văn Thắng, Nguyễn Trọng Ánh (cả 3 đều nguyên cán bộ CATP Hải Phòng); Đồng Xuân Phong (nguyên cán bộ Cục Hải quan TP.Hải Phòng), Phạm Minh Tuấn (nguyên là GĐ Xí nghiệp Bạch Đằng, TP.Hải Phòng), Trần Văn Dũng (tức Dũng "Bắc Kạn", trú tại quận Hồng Bàng, TP Hải Phòng). Người được Dương Tự Trọng và đồng phạm đưa đi trốn chính là Dương Chí Dũng (là anh trai Trọng, nguyên Chủ tịch Hội đồng quản trị Vinalines, nguyên Cục trưởng Cục Hàng hải Việt Nam).
Theo cáo trạng của VKSND tối cao, chiều 17/5/2012, Dương Chí Dũng (lúc đó đang là Cục trưởng Cục Hàng hải Việt Nam) biết được thông tin sẽ bị cơ quan CSĐT Bộ Công an khởi tố bị can và bắt tạm giam về tội "Cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng" nên đã thông báo ngay cho em trai là Dương Tự Trọng (khi đó là PGĐ CATP Hải Phòng) và được Dương Tự Trọng bảo tạm thời đến trốn tại nhà bạn gái của Trọng ở đường Nguyễn Khánh Toàn (phường Quan Hoa, quận Cầu Giấy, TP.Hà Nội). Sau đó, Trọng đã mượn điện thoại của Nguyễn Trọng Ánh liên lạc yêu cầu bạn gái ra đón Dương Chí Dũng vào nhà, chờ người của Dương Tự Trọng đến đón.
Hai anh em Dương Chí Dũng (bên phải) và Dương Tự Trọng.
Sau đó Dương Tự Trọng gọi điện cho Vũ Tiến Sơn và Hoàng Văn Thắng đến phòng làm việc để thông báo việc Dương Chí Dũng sẽ bị khởi tố, bắt giam và bàn bạc việc tổ chức cho Dương Chí Dũng trốn đi nước ngoài. Ngay sau đó, Dương Tự Trọng, Vũ Tiến Sơn, Nguyễn Trọng Ánh và Nguyễn Thái Hưng (cán bộ Hải quan Hải Phòng) cùng đi lên Hà Nội để lo liệu.
Trọng còn giao cho Hoàng Văn Thắng lái xe ôtô do Vũ Tiến Sơn mượn đến đón Phạm Minh Tuấn (bạn thân của Trọng) cùng đi Hà Nội. Đến khu vực Phố Nối (tỉnh Hưng Yên) hai nhóm này gặp nhau và Trọng yêu cầu Phạm Minh Tuấn đến đón Dương Chí Dũng rồi đưa xuống Quảng Ninh.
Dương Tự Trọng và Vũ Tiến Sơn đã bàn bạc, thống nhất giao cho Sơn đứng ra liên lạc, phân công các đối tượng trong nhóm này tổ chức cho Dương Chí Dũng trốn đi nước ngoài. Sơn đã gọi cho Đồng Xuân Phong (đang bị truy nã trong vụ án khác) và Dũng "Bắc Kạn" (đối tượng giang hồ cộm cán tại TP.Hải Phòng) để cùng tổ chức cho Dương Chí Dũng trốn đi nước ngoài.
Sau đó, Dương Chí Dũng lên xe ô tô do đồng bọn chuẩn bị trước đưa vào TP.HCM rồi theo kế hoạch đưa Dương Chí Dũng trốn sang Campuchia bằng đường tiểu ngạch qua khu vực biên giới cửa khẩu Mộc Bài, tỉnh Tây Ninh và từ Campuchia sang Mỹ. Tối 23/5/2012, các đối tượng đã đưa Dương Chí Dũng trốn sang Campuchia.
Trưa 24/5/2012, Phong mua vé máy bay cùng Dương Chí Dũng từ Campuchia sang Singapore để Dương Chí Dũng làm thủ tục xuất cảnh đi Mỹ. Do không được phép nhập cảnh vào Mỹ nên Dương Chí Dũng đã lẩn trốn ở Campuchia.; Ngày 6/7/2012, Phong sang Campuchia để xếp sắp cho Dương Chí Dũng đến ở nhờ nhà người quen của mình. Ngày 4/9/2012, Dương Chí Dũng bị cơ quan chức năng Campuchia và Việt Nam bắt giữ đưa về Việt Nam điều tra.
Viện KSND tối cao nhận định đây là vụ án đặc biệt nghiêm trọng, phạm tội có tổ chức, do Dương Tự Trọng là người chủ mưu, cầm đầu. Vũ Tiến Sơn tổ chức thực hiện theo chỉ đạo của Dương Tự Trọng bằng nhiều thủ đoạn tinh vi như sử dụng sim rác, thường xuyên thay đổi số điện thoại để liên lạc, thay đổi địa điểm trốn, phương tiện đưa đón, cung cấp tiền, giao cho các đối tượng thực hiện từng phần việc khác nhau nhằm che giấu hành vi phạm tội...
Ngoài ra, cơ quan công an đã xác định Dương Tự Trọng còn có hành vi che giấu, không tổ chức truy bắt Đồng Xuân Phong là đối tượng truy nã và chỉ đạo cấp dưới làm giả 2 giấy chứng minh nhân dân, đã phạm vào tội "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ" được điều tra trong vụ án khác.
Còn về lời khai của Dương Chí Dũng liên quan đến việc biết được thông tin mình sẽ bị khởi tố, bắt giam nên bỏ trốn, Viện KSND tối cao đã có các yêu cầu điều tra, đồng thời yêu cầu cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an tiếp tục điều tra theo quy định của pháp luật.
Dự kiến phiên toà sẽ diễn ra trong hai ngày (7 – 8/1) tại trụ sở TAND TP Hà Nội. Chủ tọa phiên tòa là thẩm phán Trương Việt Toàn.