Theo thông tin ban đầu, mặc dù biết Đồng Xuân Phong, nguyên cán bộ Cục Hải quan Hải Phòng bị Công an TP HCM truy nã về hành vi buôn lậu, song trong thời gian giữ chức vụ tại công an TP Hải Phòng, ông Dương Tự Trọng không những không tổ chức truy bắt Phong mà còn liên hệ, “chỉ đạo” Phong tổ chức cho Dương Chí Dũng, nguyên Cục trưởng cục Hàng hải Việt Nam trốn ra nước ngoài nhằm “né” tội trong vụ án xảy ra tại Vinalines.
Ngoài ra, cơ quan chức năng còn cáo buộc, ông Dương Tự Trọng đã lợi dụng chức vụ để yêu cầu cấp dưới cấp 2 CMND ghi thông tin giả, có gắn ảnh ông Trọng vào để phục vụ mục đích cá nhân. Được biết, một trong hai CMND giả trên được ông Trọng sử dụng để đăng ký khai sinh tên cha cho 2 người con của một phụ nữ trú tại quận Cầu Giấy, Hà Nội.
Trước đó, Bộ Công an đã khởi tố, bắt giam ông Dương Tự Trọng, Đồng Xuân Phong, cùng 6 người khác để điều tra về hành vi tổ chức cho anh trai ông Trọng là Dương Chí Dũng trốn ra nước ngoài.
Tại thời điểm ông Dương Chí Dũng bỏ trốn, đại tá Dương Tự Trọng giữ chức Phó giám đốc, Thủ trưởng Cơ quan Cảnh sát điều tra, Công an TP Hải Phòng.
Sau đó vài tháng, lãnh đạo Bộ Công an quyết định điều động đại tá Dương Tự Trọng lên Hà Nội làm Cục phó Cảnh sát Quản lý hành chính về TTXH. Việc khởi tố đại tá Trọng sẽ giúp cơ quan điều tra làm sáng tỏ một số nghi vấn liên quan đến một số cán bộ tham gia tổ chức cho ông Dũng bỏ trốn.