Sau hai mùa giải 2013 và 2014, CS.ĐT còn nợ khoảng 15 tỷ đồng. Theo một lãnh đạo của đội chủ sân Cao Lãnh thì số tiền ấy là nợ tiền tạm ứng của Xổ số kiến thiết Đồng Tháp do các nhà tài trợ khác không chuyển tiền như đã hứa, nợ thuế thu nhập, nợ thưởng. Mới đây, lãnh đạo CS.ĐT đã họp với Sở tài chính Đồng Tháp để tìm hướng giải quyết khoản nợ.
Trong mùa giải 2014, CS.ĐT được duyệt chi 15 tỷ đồng nhưng chỉ giải ngân được gần 9,5 tỷ. Việc thu không đủ ở mùa bóng vừa qua đã góp phần đẩy đội chủ sân Cao Lãnh lâm vào cảnh nợ nần trên. Tài khoản trống rỗng khiến CS.ĐT phải 'giật gấu vá vai' khi sử dụng tiền thưởng cho chức vô địch hạng Nhất 2014 để làm kinh phí cho đội U21 dự VCK giải U21 QG 2014.
Do khó khăn về tài chính như vậy nên đã xuất hiện thông tin cho rằng, CS.ĐT sẽ không dự V-League 2015. Một lãnh đạo của đội bóng này cho biết, tất cả phải chờ quyết định của lãnh đạo UNBD tỉnh. Ở giải hạng Nhất 2014, đội chủ sân Cao Lãnh cũng chỉ được 'bật đèn xanh' để tham gia ngay trước thời điểm cuối cùng của hạn đăng ký.
Sau mùa giải 2014, còn rất ít cầu thủ còn hợp đồng với CS.ĐT. Hàng loạt cầu thủ như Văn Ngân, Duy Khanh, Minh Lợi, Minh Hưng, Phước Thạnh, Được Em, Tấn Hùng... đã thành người tự do. Khá nhiều trong số ấy đã tìm đến đội bóng khác để thử sức. Số còn hợp đồng ràng buộc và đủ sức để chinh chiến ở V-League của CS.ĐT chỉ đếm được trên đầu ngón tay như Thanh Hiền, Bửu Ngọc, Thanh Hào…
Đội chưa có kế hoạch tập trung nên HLV Phạm Công Lộc tỏ ra sốt ruột bởi trong khi CS.ĐT đang 'bình chân như vại', thì các đội khác lại rất tích cực chuyển động. Tập trung muộn cũng đồng nghĩa với quá trình chuẩn bị sẽ đối mặt với rất nhiều khó khăn. Khi ấy, nguồn cầu thủ chất lượng sẽ không cao và quỹ thời gian để tập luyện chuyên môn cũng không còn nhiều.